Андрей Александрович Шилин родился в 1970 году в Воркуте. В 1994 году окончил Санкт-Петербургский государственный горный институт по специальности «электропривод и автоматика промышленных установок и технологических комплексов».
Начинал свою трудовую деятельность в 1988 году в должности электрослесаря производственного объединения «Воркутауголь». В 1994 году перешёл на строящуюся Костромскую АЭС, где работал электромонтёром и инженером по ремонту аппаратуры релейной защиты и автоматики.
С 1996 по 2001 годы трудился в сфере коммунального хозяйства. По 2004 год занимал должности заместителя, первого заместителя, заместителя главы администрации Костромы по вопросам ЖКХ, работал в департаменте транспорта администрации Костромской области. С 2006 года работал начальником отдела ТЭК и заместителем руководителя региональной службы по тарифам Костромской области.
На работу в «Костромаэнерго» перешёл из филиала ОАО «Энергобаланс-Кострома», где занимал должность заместителя директора, а затем директора.
