Из-за отсутствия аккумулирующей емкости Чебоксарского водохранилища (63 м вместо НПУ 68 м) продолжается подтопление земельных участков с жилыми домами и постройками в с.Кокшайск (Республика Марий Эл), расположенном ниже ГЭС по течению. Сейчас здесь подтоплено около двадцати участков со строениями.

Правительство Республики Марий Эл продолжает направлять обращения в Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы), Верхне-Волжское бассейновое водное управление и ОАО «РусГидро» с просьбой принять меры во избежание еще большего подтопления Кокшайска.

Причиной подтопления населенного пункта является эксплуатация Чебоксарской ГЭС в непроектном режиме (при отметке водохранилища 63 м вместо проектной 68 м). Незавершенное обустройство зоны затопления Чебоксарского водохранилища не позволяет сдерживать прибывающую к гидроузлу воду. Станция работает на транзитном стоке, сбрасывая лишнюю воду через донные водосбросы (сейчас открыты 14 из 18).

Если бы Чебоксарская ГЭС работала на проектной отметке водохранилища, у нее была бы возможность предпаводковой сработки и аккумулирования избытков воды, а нынешнее половодье не угрожало бы жителям Поволжья и проходило бы в штатном режиме.

Деятельность ГЭС находится под строгим контролем государства: режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС устанавливает и регулирует Министерство природных ресурсов в лице Росводресурсов. Режим работы Чебоксарской ГЭС определяет Межведомственная оперативная группа (МОГ) по регулированию режимов работы Волжско-Камского каскада водохранилищ.

Решить проблему защиты населенных пунктов от подтопления ниже створа ГЭС может подъем уровня Чебоксарского водохранилища до проектной отметки 68 метров.

В этом году на Волге наблюдается стремительный, остропиковый паводок. Причиной тому стала затяжная холодная погода на большей территории страны с последующим интенсивным  таянием снега и льда. Регулирование такого притока вполне возможно при наличии достаточной аккумулирующей (свободной)  емкости в водохранилищах Волжско-Камского каскада. Чебоксарская ГЭС, которая уже более 30 лет эксплуатируется на отметке водохранилища 63,0 м вместо проектной 68,0 м, из-за этого испытывает дефицит аккумулирующей емкости в 5 км3. Основную опасность это представляет именно при сложнопрогнозируемом стремительном развитии паводка, когда приток воды в водохранилище достигает максимальных значений.