ОАО «Институт Гидропроект», являющееся генеральным проектировщиком Загорской ГАЭС-2, разработало для станции инновационный комплекс рыбозащитных сооружений. Цель проекта – не только сохранение рыб и иных водных биоресурсов, но и воссоздание среды их обитания. Размещение комплекса на Загорской ГАЭС-2, а также рыбоохранные мероприятия согласованы с Росрыболовством. Проект разделен на три этапа и будет реализован в течение трех лет. К настоящему времени смонтированы защитные сооружения. Затем, в 2014 году, будет сооружен безопасный для рыб город. На финальной стадии - в 2015 году - планируется завершить монтаж барьера, имитирующего природные рифы. Инновационность мероприятий на строящейся ГАЭС заключается в едином комплексе превентивных и защитных мер. Впервые в мире для ГАЭС применен метод удержания рыбы водными струями в период работы ГАЭС в насосном режиме – а это около 4-5 часов. Принцип работы рыбозащитного сооружения заключается в том, что водяные струи перенаправляют поверхностный рыбообитаемый слой от водозабора в безопасное место. При переключении насосного режима на турбинный обратное течение из гидроагрегатов будет «отводить» рыбу в места оптимального обитания, максимально удаленные от водозабора. Безопасные для рыб места представляют собой специальные города и барьеры, имитирующие природные рифы. Они обеспечат благоприятные условия для нагула, зимовки и нереста рыбы. Проектные разработки для рыбозащитных мероприятий Загорской ГАЭС-2 защищены 7 патентами Российской Федерации на изобретения и полезные модели. Внедрение инновационных проектных решений позволяет сэкономить на строительно-монтажных работах около 1,5 млрд. руб. При этом качество и эффективность сооружений отвечают всем требованиям российских нормативов и превосходят зарубежные стандарты в области экологии.