ОАО «Мосэнерго» ведет активную работу по снижению воздействия производственных объектов Компании на окружающую среду. В соответствии с Программой повышения экологической безопасности ОАО «Мосэнерго» на 2013 год в Компании был выполнен ряд природоохранных мероприятий, направленных на снижение выбросов и шумового воздействия. Выбросы загрязняющих веществ (оксидов азота, диоксида серы, а также твердых веществ) в 2013 году снизились по сравнению с 2012 годом на 5% - до 52,2 тыс. т. По итогам I квартала 2014 года объем выбросов снизился на 8,8% по сравнению с аналогичным периодом 2013 года и составил 18,8 тыс. т.

Производственный экологический контроль выбросов из котлоагрегатов и состояния атмосферного воздуха на территории жилой застройки в зоне влияния теплоэлектростанций  выполняется Центральной лабораторией службы экологии ОАО «Мосэнерго». Автоматизированная система непрерывного мониторинга выбросов передает сведения как в службу экологии Мосэнерго, так и в специализированную службу Правительства Москвы - ГПБУ «Мосэкомониторинг». В 2013 году и I квартале 2014 года установленные нормативы выбросов не были превышены ни одной электростанцией Компании.

В Мосэнерго внедрена Система экологического менеджмента (СЭМ), в 2006 году сертифицированная по стандарту ISO 14001:2004. СЭМ позволяет предотвращать загрязнение окружающей среды, осуществлять контроль выбросов, соответствовать законодательным, нормативным и иным требованиям по вопросам экологии, обеспечивать непрерывное повышение экологической результативности. В декабре 2013 года был проведен первый надзорный аудит СЭМ Мосэнерго, подтвердивший ее соответствие международному стандарту.