С 1 января 2016 года ПАО Квадра начало свою операционную деятельность в соответствии с новой организационной структурой, сформированной по территориальному принципу. Данное решение было одобрено Советом директоров энергокомпании в октябре 2015 года.

В настоящее время в составе компании осуществляют деятельность 8 филиалов: Белгородская генерация , Воронежская генерация , Курская генерация , Липецкая генерация , Тамбовская генерация , Орловская генерация , Смоленская генерация , Центральная генерация .

Каждый филиал объединил генерирующие и теплосетевые активы компании в регионе. В составе филиала Центральная генерация остались производственные активы энергокомпании в Тульской, Рязанской и Калужской областях, в связи с расположением на данных территориях преимущественно генерирующих мощностей без теплосетевых объектов.